Teknologien er så langt brukt på mennesker, nå vil selskapet bruke den også på laks.Foto: SINTEF ACE
Teknologien er så langt brukt på mennesker, nå vil selskapet bruke den også på laks.Foto: SINTEF ACE
Teknologien er så langt brukt på mennesker, nå vil selskapet bruke den også på laks.Foto: SINTEF ACE

Ny gentest gjør det mulig å spore smittekilder mellom oppdrettsanlegg

Teknologien som påviste bakterieutbrudd i drikkevann på Askøy i sommer, kan også brukes i oppdrettsnæringen.

Selskapet Verditra har utviklet teknologi som kan spore smittekilder på noen dager i steder for måneder. Daglig leder Geir Atle Rød mener instrumentet kan brukes i oppdrettsnæringen. Ifølge ham er det ikke er utenkelig at teknologien som nå brukes på Haukeland universitetssykehus kan spare oppdrettsnæringen for milliarder av kroner.

- Selve utstyret har vi gitt navnet PathoSurv og det har utspring fra humanmedisin, sier Rød til IntraFish.

Denne nye formen for gentesting gjør det mulig  å spore smittekilder mellom oppdrettsanlegg og gjøre databaserte beslutninger for fiskehelsen med raske, nøyaktige prøveresultater. 

PathoSurv og NGS-teknologi forklart:

  • NGS (neste generasjons sekvensering) fungerer ved at hele genomet (DNAet) til celler, bakterier og virus leses. Tidligere genlesingsteknologier kunne bare lese begrensede DNA-sekvenser, og med lav oppløsning var det lavere sikkerhet rundt funnene. 
  • Teknologien gjør det mulig for fiskehelsepersonell å se etter like mutasjoner i prøver fra to forskjellige lokaliteter. Om mutasjonene i bakterieprøvene er like, betyr det at de kommer fra samme smittekilde. 
  • NGS virker raskere enn tidligere genlesingsteknologi. Det gjør at fiskehelsepersonell nå kan identifisere bakterier, virus og deres mutasjoner på et par dager. Det er også mulig å finne en smittekilde på et par dager, noe som tidligere tok tre til seks måneder.

Fungerer like bra på laksegener som på menneskegener

Rød har tidligere jobbet syv år som kommunikasjonsrådgiver for Skretting og ett år som forretningsutvikler i Hauge Aqua. Han har også jobbet som rådgiver i Seafood Innovation Cluster i forbindelse med AquaCloud-prosjektet. 

- Med min bakgrunn fra havbruk, så jeg med en gang mulighetene for denne typen utstyr i oppdrettsnæringen. Det er ikke forskjell i metodikken for genprøvetaking av mennesker og fisk, sier Rød. 

- Før måtte helsepersonell bruke bioinformatikk for å se et gigantisk bilde av patogener. Det var logistisk umulig å spore smittekilder på denne måten. 

Med den nye teknologien kalt «neste generasjons sekvensering» (NGS) kan brukere lese av hele genomet (DNAet) til en organisme på kort tid. Den forrige teknologien som ble brukt tillot bare for å lese korte gensekvenser om gangen.

Nå kan altså forskere lese hele DNAet til virus, bakterier og dyr, og finne mutasjoner på kortere tid. 

- Dette er et nytt teknologiskifte innen lesing av genetiske fingeravtrykk, sier Rød. 

zoomBakteriofager infiserer bakterier. Her er en av bakteriene ødelagt av bakteriofager.
Bakteriofager infiserer bakterier. Her er en av bakteriene ødelagt av bakteriofager.

Haukeland bruker teknologien

Seksjonsoverlege Øyvind Kommedal ved Mikrobiologisk avdeling på Haukeland universitetssykehus brukte PathoSurv under vannkrisen på Askøy tidligere i år. Mange mennesker ble syke av drikkevannet i øykommunen utenfor Bergen.

Kommedal forteller at NGS viser gener med høyere oppløsning, er raskere å få svar på og er på samme prisnivå i drift som den forrige metoden, om ikke billigere.

- Før måtte man velge enkelte gener man ønsket å se på, kopiere dem, og deretter sekvensere dem. Til slutt fikk vi se et bilde av genene med dårlig oppløsning. Vi fikk bare en indikator på det vi leitet etter, men ingen bekreftelse. Med NGS er det enklere å bare sekvensere hele genomet som gir langt mer nøyaktige resultater, sier Kommedal. 

Ved drikkevannskrisen på Askøy brukte Haukeland universitetssykehus PathoSurv. På bare tre dager hadde de identifisert smittekilden og dokumentert et utbrudd. 

- Med den gamle metoden, ville vi brukt lengre tid og bare hatt en mistanke om at dette var et utbrudd. Det ville også tatt mellom 3 og 6 måneder, sier han. 

Fremtiden av sykdomsovervåkning

Tidligere var det også slik at for å kunne analysere en bakteriekultur, måtte helsepersonell først dyrke frem bakteriene. Det tar noen dager. Kommedal forteller at dette ikke lenger vil være nødvendig med denne teknologien. 

- Med litt videreutvikling vil det være mulig å droppe dyrkningen av kulturer og for eksempel ta direkte vevsprøver av laks. Deretter ser du bort fra laksegenene, og du vil sitte igjen med bakteriene og virusene du er ute etter å se på. Men dette bruker opp mye data, og er ikke praktisk helt enda. 

- Dette er mulig nå, men også en dyrere måte og gjøre det på. Om det blir billigere i fremtiden, vil det nesten kutte ut alt laboratoriearbeid vi gjør i dag, sier Kommedal. 

Kan bruke data fra den internasjonale genbanken 

Verditrastartet selskapet og PathoSurv-prosjektet for halvannet år siden. Haukeland universitetssykehus oppsøkte dem og forespurte løsningen. Sammen har de inngått en 5-årig samarbeidsavtale. 

- Teknologiskiftet innen neste generasjons sekvensering har gjort dette mulig. En sekvenseringsmaskin kostet rundt en million kroner for noen år siden, og var på størrelsen med et kjøleskap. Nå er noen av dem på størrelse med mobiltelefoner, og koster titalls tusen.

 Det er rådata fra disse maskinene som PathoSurv analyserer for hurtige svar på Haukeland. Løsningen kan også bruke data direkte fra den internasjonale genbanken, «Genbank», for å sammenligne smitte mot historiske data. 

Vil inn i oppdrettsbransjen

- Akkurat nå kontakter vi fremoverlente oppdrettere som for eksempel er blitt rammet av PD eller ILA, for å høre om de har interesse av et samarbeid med oss. Responsen vi har fått så langt er at de fleste oppdretterne har så mye å gjøre, at de ikke har kapasitet eller organisasjon for å håndtere dette, sier Rød.

Han forteller at selskapet ser på ulike scenario for drift eller tjenester innen havbruksnæringen. 

- Vi har vært i kontakt med flere aktører innen oppdrettsnæringen, og så langt kan jeg si at interessen har vært stor. 

Rød ønsker imidlertid ikke gå ut med navn på aktørene. 

Likte du denne artikkelen? Les flere saker fra IntraFish.no:

( VILKÅR )
 
Del saken